L’Associació de Municipis per la Independència està presidida per l’alcalde de l’Ametlla de Mar, Jordi Gaseni. Els seus òrgans de govern són la Comissió Executiva, formada per 10 alcaldes i alcaldesses i regidors i regidores, el Consell Directiu, format per representants de totes les comarques catalanes, i l’Assemblea General, formada per tots els alcaldes i alcaldesses membres o regidors i regodires delegats i delegades.